[Robson Kerman]

Na pytanie nie znam odpowiedzi, ponieważ osobiście darzę sympatią zegary z serii PCF, z którymi nigdy nie miałem problemów podobnych do Twojego.
W kwestii formalnej, to zasymulowałeś utratę zasilnia odłączając masę.
Czyli nomen omen, odłączyłeś cały zegar od mikroprocesora.
Chcąc zasymulować utratę zasilania, powinieneś odłączyć zasilanie.
Zasilanie arduino też, ponieważ przewody I2C podciągnięte są do VCC i wewnętrznie do RAM'u oraz rejestrów zegara, więc możliwe, że coś tam się poprzestawiało w tych rejestrach.
Ściągnij datasheeta i poustawiaj je jak należy.