[MadMrQ]

Jeżeli zmienna jest deklarowana pod if to tylko tam jest jej zasięg. Po wyjściu z pętli przestaje istnieć.
Aby została zachowana musi mieć przedrostek static - np. static char secondCheck[]

W twoim wypadku najprościej przenieść deklarację zmiennej przed ifa, ale pytanie po co ta zmienna tam w ogóle jest?

Kod:

char secondCheck[]

if (rtc.getSecond()%2==0){
    secondCheck[]=":";
    Serial.println(secondCheck);
  }
else{
    secondCheck[]=".";  
    Serial.println(secondCheck);
  }

Serial.println(secondCheck);

Nie prościej napisać po prostu:

Kod:

Serial.println(".")